En 1341, les 2 frères se sont réfugiés à Cochin avec leurs amis et ont bâti la synagogue Kochangadi. En 1524, les Maures ont attaqué les juifs qui restaient à Anjuvannam, brûlant leurs maisons et leurs synagogues.Finalement, les juifs désertèrent leur ancienne colonie et s'enfuirent à Cochin qui restait sous protectorat indien. Des exilés espagnols et portugais arrivèrent après l'Inquisition; d'autres encore fuyant les persécutions au Moyen-Orient. En 1560, craignant encore les Portugais, les juifs cherchèrent la protection du rajah de Cochin, rapidement appelé le"roi des juifs" par les Portugais.

Grâce à lui , les juifs purent survivre; il leur donna en 1565 , une bande de terre près de son palais et en 1568 leur permit de bâtir une synagogue.; il nomma un chef héréditaire parmi les juifs et leur accorda certains privilèges. Cette situation s'est maintenue sous d'autres rajahs et même sous l'autorité des Hollandais et des Britanniques. La famille Hallegua, qui détient encore ce titre, continue à jouir d'une certaine influence à Cochin. En 1940, il y avait environ 2 500 juifs près de Cochin. Aujourd'hui, des 5 500 juifs restant en Inde, 22 vivent à Cochin. Lors de l'indépendance de l'Inde en 1947, la plupart des juifs de Cochin ont fait leur alyah; ceux qui sont restés , étaient les plus aisés. Les juifs de Cochin étaient historiquement divisés en 2 principales communautés, les Juifs Noirs ( 85%) qui se considéraient des decendants des premiers habitants de Cochin et les Juifs Blancs ou Paradesim dont les ancêtres venaient d'Europe et du Moyen-Orient.Il y avait aussi quelques Juifs Marrons, descendant d'esclaves affranchis.