Les investigations menées ont permis d'exclure des causes techniques ou accidentelles, selon un communiqué du magistrat.

Un prélèvement ADN a été effectué sur un mégot de cigarette trouvé à proximité du lieu de foyer de mise à feu mais les analyses en cours sont compromises par la qualité de l'échantillon prélevé, qui a souffert de la chaleur et de l'intervention des pompiers, a encore indiqué le magistrat. Aucune inscription antisémite n'avait été trouvée sur les lieux par les enquêteurs et l'incendie n'a pas été revendiqué. Pour le président de la Fédération suisse des communautés israélites Alfred Donath, le caractère antisémite de l'acte est "indéniable". Interrogé par la Radio Suisse Romande il s'est dit bouleversé et choqué par cet acte criminel qui rappelle de "douloureux souvenirs". L'incendie, intervenu le jour de Chavouot, la fête juive du don de la Torah, n'avait pas fait de blessés mais l'entrée de la synagogue de Malagnou avait été entièrement détruite. Le lieu de culte proprement dit avait été endommagé par la suie dégagée par l'incendie, d'une part, et par l'eau déversée pour éteindre l'incendie. Plusieurs témoins ont été entendus par la police mais ces auditions n'ont pour l'heure pas permis de discerner un éventuel suspect, a indiqué le juge d'instruction. L'homme d'affaires Nessim Gaon avait fait construire en 1972 sur la route de Malagnou (est de Genève) cette synagogue de rite sépharade (oriental), appelée Hekhal Haness. Interrogé le jour même sur les lieux il avait estimé que "soit c'était un acte de Dieu, soit c'était un acte terroriste". "Le dégât est trop grand, ça doit être un acte terroriste", avait-il aussitôt ajouté. Six synagogues et oratoires représentent à Genève les différents courants du judaïsme. Le temple incendié pouvait contenir jusqu'à 1.200 personnes, selon M. Gaon. La Suisse compte environ 20.000 personnes de confession juive, dont 5.000 à Genève. Selon la CICAD, on compte environ 60 à 70 actes antisémites en Suisse romande chaque année. Le financier suisse Nessim Gaon, propriétaire de la synagogue incendiée, est un habitué des démêlés commerciaux et judiciaires retentissants, notamment avec la Russie.