Dans un premier temps, NHK avait fait état de quatre morts à Kashiwazaki, la ville la plus touchée. Mais un responsable hospitalier qui a requis l'anonymat a précisé que trois femmes âgées ont été tuées. Un quatrième décès serait sans rapport avec le séisme.

La secousse a également détruit des dizaines d'immeubles et maisons en bois et provoqué un incendie dans une centrale nucléaire. De petits tsunamis ont déferlé sur la région. Plusieurs répliques ont été ressenties dont la plus forte avait une magnitude de 5,8, a annoncé l'Agence météorologique.

La chaîne NHK rapporte que ce séisme a fait plus de 400 blessés, la plupart souffrant de fractures, coupures et contusions. Quelque 2.000 personnes ont été évacuées de la zone du séisme. La force du séisme a été telle qu'elle a emporté les routes côtières et les ponts et l'on pouvait voir des fissures d'un mètre de large le long de la côte.

"J'était si effrayée -la secousse violente a duré au moins vingt secondes. J'ai failli m'évanouir tellement j'ai eu peur", a déclaré à l'Associated Press Ritei Watasuki, une employée d'un grand magasin de la ville.

Des flammes et des nuages de fumée noire ont été aperçus s'échappant de la centrale nucléaire de Kashiwasaki, qui s'est automatiquement arrêtée de fonctionner lors de la secousse. Selon NHK, l'incendie s'est déclenché dans un transformateur électrique et aucune fuite radioactive n'a été constatée.

L'Agence météorologique a levé l'alerte au tsunami le long des côtes de la préfecture de Niigata qu'elle avait émise peu après le séisme, tout en mettant en garde contre de possibles petits tsunamis sur d'autres côtes. On ne prévoyait toutefois pas de dégâts importants.

Des vagues de 50 centimètres ont pu atteindre les côtes de la préfecture de Niigata, au nord-ouest de l'archipel, a déclaré l'Agence météorologique dans un communiqué.

L'épicentre du séisme qui a frappé la région à 10h13 locales (1h13 GMT) a été localisé au large de la côte de Niigata, à 260 kilomètres au nord-ouest de Tokyo, selon l'agence.

A Tokyo, la secousse a fait chanceler des édifices. Plusieurs liaisons ferroviaires entre Tokyo et le nord et nord-ouest du Japon ont été suspendues, selon la chaîne de télévision publique NHK. Les autorités locales ont annoncé qu'environ 35.000 foyers ont été privés d'eau et de gaz après que des fuites ont été signalées. Lundi après, environ 18.000 foyers étaient toujours privés d'électricité.

Trois réacteurs nucléaires situés dans la région se sont automatiquement arrêtés, selon NHK.

L'archipel nippon est situé à la croisée de quatre plaques tectoniques et est l'un des pays les plus touchés. Le dernier grand séisme à avoir touché la région de Tokyo a fait 142.000 morts en 1923, et les experts s'accordent pour dire qu'il y a 90% de chance que la capitale nippone ne connaisse au séisme la même ampleur au cours des 50 prochaines années.